使用Python分析14億條數(shù)據(jù)
Google Ngram viewer是一個有趣和有用的工具,它使用谷歌從書本中掃描來的海量的數(shù)據(jù)寶藏,繪制出單詞使用量隨時間的變化。舉個例子,單詞 Python (區(qū)分大小寫):
這幅圖來自:books.google.com/ngrams/grap…,描繪了單詞 'Python' 的使用量隨時間的變化。
它是由谷歌的 n-gram 數(shù)據(jù)集驅(qū)動的,根據(jù)書本印刷的每一個年份,記錄了一個特定單詞或詞組在谷歌圖書的使用量。然而這并不完整(它并沒有包含每一本已經(jīng)發(fā)布的書?。?,數(shù)據(jù)集中有成千上百萬的書,時間上涵蓋了從 16 世紀(jì)到 2008 年。數(shù)據(jù)集可以免費(fèi)從這里下載。
我決定使用 Python 和我新的數(shù)據(jù)加載庫 PyTubes 來看看重新生成上面的圖有多容易。
挑戰(zhàn)
1-gram 的數(shù)據(jù)集在硬盤上可以展開成為 27 Gb 的數(shù)據(jù),這在讀入 python 時是一個很大的數(shù)據(jù)量級。Python可以輕易地一次性地處理千兆的數(shù)據(jù),但是當(dāng)數(shù)據(jù)是損壞的和已加工的,速度就會變慢而且內(nèi)存效率也會變低。
總的來說,這 14 億條數(shù)據(jù)(1,430,727,243)分散在 38 個源文件中,一共有 2 千 4 百萬個(24,359,460)單詞(和詞性標(biāo)注,見下方),計算自 1505 年至 2008 年。
當(dāng)處理 10 億行數(shù)據(jù)時,速度會很快變慢。并且原生 Python 并沒有處理這方面數(shù)據(jù)的優(yōu)化。幸運(yùn)的是,numpy 真的很擅長處理大體量數(shù)據(jù)。 使用一些簡單的技巧,我們可以使用 numpy 讓這個分析變得可行。
在 python/numpy 中處理字符串很復(fù)雜。字符串在 python 中的內(nèi)存開銷是很顯著的,并且 numpy 只能夠處理長度已知而且固定的字符串?;谶@種情況,大多數(shù)的單詞有不同的長度,因此這并不理想。
Loading the data
下面所有的代碼/例子都是運(yùn)行在 8 GB 內(nèi)存 的 2016 年的 Macbook Pro。 如果硬件或云實(shí)例有更好的 ram 配置,表現(xiàn)會更好。
1-gram 的數(shù)據(jù)是以 tab 鍵分割的形式儲存在文件中,看起來如下:
- Python 1587 4 2
- Python 1621 1 1
- Python 1651 2 2
- Python 1659 1 1
每一條數(shù)據(jù)包含下面幾個字段:
1. Word
2. Year of Publication
3. Total number of times the word was seen
4. Total number of books containing the word
為了按照要求生成圖表,我們只需要知道這些信息,也就是:
1. 這個單詞是我們感興趣的?
2. 發(fā)布的年份
3. 單詞使用的總次數(shù)
通過提取這些信息,處理不同長度的字符串?dāng)?shù)據(jù)的額外消耗被忽略掉了,但是我們?nèi)匀恍枰獙Ρ炔煌址臄?shù)值來區(qū)分哪些行數(shù)據(jù)是有我們感興趣的字段的。這就是 pytubes 可以做的工作:
- import tubes
- FILES = glob.glob(path.expanduser("~/src/data/ngrams/1gram/googlebooks*"))
- WORD = "Python"
- one_grams_tube = (tubes.Each(FILES)
- .read_files()
- .split()
- .tsv(headers=False)
- .multi(lambda row: (
- row.get(0).equals(WORD.encode('utf-8')),
- row.get(1).to(int),
- row.get(2).to(int)
- ))
- )
差不多 170 秒(3 分鐘)之后, onegrams_ 是一個 numpy 數(shù)組,里面包含差不多 14 億行數(shù)據(jù),看起來像這樣(添加表頭部為了說明):
- ╒═══════════╤════════╤═════════╕
- │ Is_Word │ Year │ Count │
- ╞═══════════╪════════╪═════════╡
- │ 0 │ 1799 │ 2 │
- ├───────────┼────────┼─────────┤
- │ 0 │ 1804 │ 1 │
- ├───────────┼────────┼─────────┤
- │ 0 │ 1805 │ 1 │
- ├───────────┼────────┼─────────┤
- │ 0 │ 1811 │ 1 │
- ├───────────┼────────┼─────────┤
- │ 0 │ 1820 │ ... │
- ╘═══════════╧════════╧═════════╛
從這開始,就只是一個用 numpy 方法來計算一些東西的問題了:
每一年的單詞總使用量
谷歌展示了每一個單詞出現(xiàn)的百分比(某個單詞在這一年出現(xiàn)的次數(shù)/所有單詞在這一年出現(xiàn)的總數(shù)),這比僅僅計算原單詞更有用。為了計算這個百分比,我們需要知道單詞總量的數(shù)目是多少。
幸運(yùn)的是,numpy讓這個變得十分簡單:
- last_year = 2008
- YEAR_COL = '1'
- COUNT_COL = '2'
- year_totals, bins = np.histogram(
- one_grams[YEAR_COL],
- density=False,
- range=(0, last_year+1),
- bins=last_year + 1,
- weights=one_grams[COUNT_COL]
- )
繪制出這個圖來展示谷歌每年收集了多少單詞:
很清楚的是在 1800 年之前,數(shù)據(jù)總量下降很迅速,因此這回曲解最終結(jié)果,并且會隱藏掉我們感興趣的模式。為了避免這個問題,我們只導(dǎo)入 1800 年以后的數(shù)據(jù):
- one_grams_tube = (tubes.Each(FILES)
- .read_files()
- .split()
- .tsv(headers=False)
- .skip_unless(lambda row: row.get(1).to(int).gt(1799))
- .multi(lambda row: (
- row.get(0).equals(word.encode('utf-8')),
- row.get(1).to(int),
- row.get(2).to(int)
- ))
- )
這返回了 13 億行數(shù)據(jù)(1800 年以前只有 3.7% 的的占比)
Python 在每年的占比百分?jǐn)?shù)
獲得 python 在每年的占比百分?jǐn)?shù)現(xiàn)在就特別的簡單了。
使用一個簡單的技巧,創(chuàng)建基于年份的數(shù)組,2008 個元素長度意味著每一年的索引等于年份的數(shù)字,因此,舉個例子,1995 就只是獲取 1995 年的元素的問題了。
這都不值得使用 numpy 來操作:
- word_rows = one_grams[IS_WORD_COL]
- word_counts = np.zeros(last_year+1)
- for _, year, count in one_grams[word_rows]:
- word_counts[year] += (100*count) / year_totals[year]
繪制出 word_counts 的結(jié)果:
形狀看起來和谷歌的版本差不多
實(shí)際的占比百分?jǐn)?shù)并不匹配,我認(rèn)為是因?yàn)橄螺d的數(shù)據(jù)集,它包含的用詞方式不一樣(比如:Python_VERB)。這個數(shù)據(jù)集在 google page 中解釋的并不是很好,并且引起了幾個問題:
- 人們是如何將 Python 當(dāng)做動詞使用的?
- 'Python' 的計算總量是否包含 'Python_VERB'?等
幸運(yùn)的是,我們都清楚我使用的方法生成了一個與谷歌很像的圖標(biāo),相關(guān)的趨勢都沒有被影響,因此對于這個探索,我并不打算嘗試去修復(fù)。
性能
谷歌生成圖片在 1 秒鐘左右,相較于這個腳本的 8 分鐘,這也是合理的。谷歌的單詞計算的后臺會從明顯的準(zhǔn)備好的數(shù)據(jù)集視圖中產(chǎn)生作用。
舉個例子,提前計算好前一年的單詞使用總量并且把它存在一個單獨(dú)的查找表會顯著的節(jié)省時間。同樣的,將單詞使用量保存在單獨(dú)的數(shù)據(jù)庫/文件中,然后建立***列的索引,會消減掉幾乎所有的處理時間。
這次探索 確實(shí) 展示了,使用 numpy 和 初出茅廬的 pytubes 以及標(biāo)準(zhǔn)的商用硬件和 Python,在合理的時間內(nèi)從十億行數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)集中加載,處理和提取任意的統(tǒng)計信息是可行的,
語言戰(zhàn)爭
為了用一個稍微更復(fù)雜的例子來證明這個概念,我決定比較一下三個相關(guān)提及的編程語言:Python,Pascal, 和 Perl.
源數(shù)據(jù)比較嘈雜(它包含了所有使用過的英文單詞,不僅僅是編程語言的提及,并且,比如,python 也有非技術(shù)方面的含義?。?,為了這方面的調(diào)整, 我們做了兩個事情:
- 只有首字母大寫的名字形式能被匹配(Python,不是 python)
- 每一個語言的提及總數(shù)已經(jīng)被轉(zhuǎn)換到了從 1800 年到 1960 年的百分比平均數(shù),考慮到 Pascal 在 1970 年***次被提及,這應(yīng)該有一個合理的基準(zhǔn)線。
結(jié)果:
對比谷歌 (沒有任何的基準(zhǔn)線調(diào)整):
運(yùn)行時間: 只有 10 分鐘多一點(diǎn)
代碼: gist.github.com/stestagg/91…
以后的 PyTubes 提升
在這個階段,pytubes 只有單獨(dú)一個整數(shù)的概念,它是 64 比特的。這意味著 pytubes 生成的 numpy 數(shù)組對所有整數(shù)都使用 i8 dtypes。在某些地方(像 ngrams 數(shù)據(jù)),8 比特的整型就有點(diǎn)過度,并且浪費(fèi)內(nèi)存(總的 ndarray 有 38Gb,dtypes 可以輕易的減少其 60%)。 我計劃增加一些等級 1,2 和 4 比特的整型支持(github.com/stestagg/py…)
更多的過濾邏輯 - Tube.skip_unless() 是一個比較簡單的過濾行的方法,但是缺少組合條件(AND/OR/NOT)的能力。這可以在一些用例下更快地減少加載數(shù)據(jù)的體積。
更好的字符串匹配 —— 簡單的測試如下:startswith, endswith, contains, 和 isoneof 可以輕易的添加,來明顯地提升加載字符串?dāng)?shù)據(jù)是的有效性。