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紐約醫(yī)院利用大數(shù)據(jù)化技術(shù)改變醫(yī)療

數(shù)據(jù)庫(kù)
與健康相關(guān)的數(shù)據(jù)正在呈爆炸式增長(zhǎng)。一家紐約醫(yī)院從硅谷招來(lái)頂級(jí)人才,正加緊步伐為“大數(shù)據(jù)化”的醫(yī)療未來(lái)做準(zhǔn)備。在那個(gè)未來(lái)中,醫(yī)院將可分析和預(yù)測(cè)病人的健康需求,甚至將顛覆我們對(duì)疾病的認(rèn)知。

杰夫·哈默巴德(Jeff Hammerbacher)是西奈山伊坎醫(yī)學(xué)院的研究人員,他的辦公室坐落于全美國(guó)經(jīng)濟(jì)兩極化最徹底的地區(qū)之一。放眼望去,辦公室南邊是紐約時(shí)髦上東區(qū)的聯(lián)排別墅,北部則是落后的東哈萊姆貧民區(qū)。

有趣的事兒是這個(gè):去年,伊坎醫(yī)學(xué)院安裝了一臺(tái)發(fā)出嗡嗡響的超級(jí)計(jì)算機(jī),該計(jì)算機(jī)名為密涅瓦(Minerva),以羅馬神話中掌管醫(yī)藥的智慧女神命名。

在醫(yī)院中,超級(jí)計(jì)算機(jī)是極其罕見(jiàn)的東西,即便是如伊坎醫(yī)學(xué)院這般大型的研究中心和醫(yī)學(xué)院。不過(guò),同樣罕見(jiàn)的是像哈默巴德這樣腦袋可媲美超級(jí)計(jì)算機(jī)的天才。哈默巴德以創(chuàng)建Facebook的數(shù)據(jù)科學(xué)團(tuán)隊(duì)而遐邇聞名,后來(lái)又聯(lián)合創(chuàng)辦了硅谷頂級(jí)大數(shù)據(jù)軟件公司Cloudera,如今他兼任該公司的首席科學(xué)家。

今年,他搬到紐約并全身心投入伊坎醫(yī)學(xué)院的研究工作,致力于用Cloudera軟件Demeter創(chuàng)建另一個(gè)強(qiáng)大的計(jì)算機(jī)集群以及構(gòu)建可更好地儲(chǔ)存、處理、挖掘和建立數(shù)據(jù)模型的工具。對(duì)于醫(yī)學(xué)院現(xiàn)有的電子病歷系統(tǒng)及其數(shù)據(jù)倉(cāng)庫(kù),哈默巴德給予了肯定,“其生成的數(shù)據(jù)量頗為驚人。”光是去年,該數(shù)據(jù)倉(cāng)庫(kù)便儲(chǔ)存了3億個(gè)“新事件”。然而,哈默巴德也指出了不足,“必須說(shuō),儲(chǔ)存的數(shù)據(jù)只是冰山一角。”

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是否真存在三種2型糖尿?。?萬(wàn)名志愿者的健康數(shù)據(jù)暗示我們,或許我們知道的遠(yuǎn)比自己以為的要少。

綜上所述,各種情況造就了醫(yī)院中最有趣的實(shí)驗(yàn)之一,該實(shí)驗(yàn)讓我們得以一窺醫(yī)療保健的未來(lái),即從基因組到顎骨追蹤裝置等等,與我們健康相關(guān)的數(shù)據(jù)正呈爆炸式增長(zhǎng)。

“我們?cè)噲D創(chuàng)建的是一個(gè)學(xué)習(xí)型醫(yī)療保健系統(tǒng),”伊坎醫(yī)學(xué)院生物醫(yī)學(xué)信息專(zhuān)業(yè)主任喬爾·達(dá)德利(Joel Dudley)說(shuō)道,“首先,我們必須收集許多人的數(shù)據(jù),并將數(shù)據(jù)與結(jié)果連接起來(lái)。”

想知道這家位于西奈山的醫(yī)院未來(lái)將呈現(xiàn)何種面貌,你只需在腦中想象網(wǎng)飛(Netflix)、亞馬遜甚至Facebook是如何運(yùn)行的。這些公司收集用戶的數(shù)據(jù),再用它們所開(kāi)發(fā)的預(yù)測(cè)模型和推薦系統(tǒng)來(lái)處理數(shù)據(jù),綜合考慮用戶的瀏覽或購(gòu)買(mǎi)歷史后——或許還包括用戶在其他網(wǎng)站上的歷史以及“相似”用戶的歷史——它們會(huì)對(duì)未來(lái)做出最佳猜測(cè),比如用戶想購(gòu)買(mǎi)或想看到什么,或什么類(lèi)型的廣告會(huì)對(duì)用戶產(chǎn)成誘惑。

通過(guò)大批量的實(shí)時(shí)數(shù)據(jù)挖掘,比如在類(lèi)似密涅瓦的超級(jí)計(jì)算機(jī)上挖掘,各個(gè)醫(yī)院終將以類(lèi)似的方式運(yùn)行,目的在于為西奈地區(qū)的個(gè)體病人改善健康結(jié)果,以及發(fā)現(xiàn)能更廣泛地提高公共衛(wèi)生的診斷、治療和疾病防治方式。“這好比用強(qiáng)子對(duì)撞機(jī)測(cè)試粒子物理學(xué)和高能物理學(xué)的各個(gè)理論,”達(dá)德利說(shuō),“讓我們將所有知道的生物學(xué)理論都投入測(cè)試,看看在大量人群中的粗糙的測(cè)量結(jié)果。最終,數(shù)據(jù)將告訴我們生物學(xué)是怎么一回事。”

達(dá)德利將眼光轉(zhuǎn)至電腦屏幕,向我們展現(xiàn)“大數(shù)據(jù)”將如何顛覆醫(yī)療保健和醫(yī)學(xué)研究界——雖然只是早期的模糊概念。

屏幕直觀顯示了3萬(wàn)名西奈醫(yī)院病人的健康數(shù)據(jù),這些病人均自愿為研究人員提供個(gè)人信息(見(jiàn)上圖)。他指出三個(gè)分開(kāi)的集群,這些集群用同個(gè)顏色標(biāo)出,均代表患2型糖尿病的病人。然而,映入我們眼簾的,有可能代表某種得到高度關(guān)注疾病的全新概念。“為何說(shuō)這個(gè)有趣呢?因?yàn)槲覀冋J(rèn)為自己看到的2型糖尿病,實(shí)際上有可能是3型或4型糖尿病,”達(dá)德利說(shuō)。“直至目前,對(duì)于數(shù)據(jù)無(wú)法仔細(xì)處理的疾病,我們僅有粗糙的定義。”(圖表以病人的臨床數(shù)據(jù)對(duì)其進(jìn)行歸類(lèi),比如血糖含量和膽固醇含量等等。)

從該圖表以及類(lèi)似圖表中,達(dá)德利或許可以精確指出從屬不同集群糖尿病人獨(dú)有的基因,以此開(kāi)辟一種新方式,讓我們更好地了解基因和環(huán)境與疾病、癥狀和治療方式之間的關(guān)聯(lián)。另一張圖中,達(dá)德利展現(xiàn)了不同種族和人種的基因差異將可能以何種方式造就某種疾病的不同形態(tài),而形態(tài)的不同則需要不同的治療方式。

這些不過(guò)是幾個(gè)小例子,目的在于證明結(jié)合數(shù)據(jù)的處理能力,大量病人的數(shù)據(jù)可以做出多大的貢獻(xiàn)。正如Facebook是社交網(wǎng)絡(luò)一樣,這些數(shù)據(jù)集組成了臨床網(wǎng)絡(luò)。(其終極目標(biāo)是將10萬(wàn)名病人的數(shù)據(jù)納入名為BioMe的平臺(tái),以探索大量數(shù)據(jù)的可能用途。)“我們是孤獨(dú)的開(kāi)辟者,創(chuàng)先河地將預(yù)測(cè)模型引擎內(nèi)置于衛(wèi)生保健系統(tǒng),”達(dá)德利說(shuō)。“這種方法早已存在,這種技術(shù)更早已成熟。不可思議的是,為何我們就沒(méi)想將其用于醫(yī)療保健領(lǐng)域呢!”

西奈醫(yī)院的目標(biāo)是用這些方法為多種疾病的病人進(jìn)行個(gè)性化診斷和治療,比如癌癥和糖尿病病人等,以及改善醫(yī)院對(duì)病人的護(hù)理情況。然而,為了使該愿景變得切實(shí)可行,首先得克服幾個(gè)根本性挑戰(zhàn)。

幾乎任何一家網(wǎng)絡(luò)公司都誕生于輕易從用戶身上獲得或挖掘到的數(shù)據(jù)海洋中,而在醫(yī)療保健領(lǐng)域,與數(shù)據(jù)的斗爭(zhēng)還要簡(jiǎn)單得多:將病人的健康記錄電子化及隱私化,同時(shí)為醫(yī)生、保險(xiǎn)公司、相關(guān)部門(mén)和病人開(kāi)放數(shù)據(jù)。據(jù)哈默巴德所說(shuō),這還算不上醫(yī)院版的數(shù)據(jù)搜索引擎呢,而且就如今衛(wèi)生保健緩慢發(fā)展的狀態(tài)來(lái)講,各種關(guān)于如何防止疾病的預(yù)測(cè)可以說(shuō)只是錦上添花。“簡(jiǎn)單地集中管理數(shù)據(jù)并將其向研究人員和臨床醫(yī)生開(kāi)放,就已足夠我們開(kāi)發(fā)出可更好地了解和治療疾病的新模型了,”哈默巴德說(shuō)。

西奈醫(yī)院正將某些想法付諸臨床實(shí)踐。比如,食品及藥物管理局(FDA)正為某些藥物發(fā)行標(biāo)簽,為經(jīng)歷某種基因變異的病人注明不同攝入劑量(或解釋為何某些病人不能服用該藥物)。這暗示未來(lái)可能實(shí)行更多的個(gè)性化用藥措施。醫(yī)院正開(kāi)始使用的Clipmerge軟件會(huì)更便于醫(yī)生進(jìn)行快速查找,同時(shí),當(dāng)電子醫(yī)療記錄表單上的藥物可能發(fā)生相互作用時(shí),也能及時(shí)通知到醫(yī)生。

在預(yù)測(cè)方面,醫(yī)院已經(jīng)將名為PACT的預(yù)測(cè)模型內(nèi)置于電子醫(yī)療記錄系統(tǒng),用以預(yù)測(cè)出院病人90天內(nèi)返回醫(yī)院的可能性(新衛(wèi)生保健法為醫(yī)院提供了某些財(cái)政獎(jiǎng)勵(lì),以減少90天內(nèi)病人的再入院率)。根據(jù)預(yù)測(cè),醫(yī)療中心的高風(fēng)險(xiǎn)病人或許將真正獲得不同的護(hù)理,比如為他們分配一個(gè)治療后協(xié)調(diào)員。

據(jù)達(dá)德利所說(shuō),最終,我們將有各種與電子病人記錄相連接又可挖掘的新數(shù)據(jù),包括病人滿意度調(diào)查、醫(yī)生的臨床筆記以及磁共振的圖像數(shù)據(jù)等等。

舉個(gè)例子,健身和健康追蹤器產(chǎn)生的大量數(shù)據(jù)看似有趣,但個(gè)人很難從中搜集到什么有意義的東西。然而,正如達(dá)德利所說(shuō)的,當(dāng)成千上萬(wàn)個(gè)人的數(shù)據(jù)被用于挖掘與健康結(jié)果相關(guān)的信號(hào)和鏈接時(shí),這些數(shù)據(jù)很可能將發(fā)揮作用,比如可被用作預(yù)防疾病或及早檢測(cè)到疾病的新方法。

要達(dá)到此愿景,一個(gè)很大的局限性就是醫(yī)院能否接觸到這些新數(shù)據(jù)。目前,病人隱私受到聯(lián)邦法律的嚴(yán)格保護(hù),在這種情況下,收集數(shù)據(jù)變得萬(wàn)分艱難,醫(yī)生也會(huì)漸漸感到不耐和厭煩。除此之外,將病人數(shù)據(jù)從一個(gè)醫(yī)院轉(zhuǎn)到另一個(gè)醫(yī)院,或從一個(gè)醫(yī)生轉(zhuǎn)到另一個(gè)醫(yī)生的過(guò)程中存在許多條條框框,更別提利用各種健身追蹤器的數(shù)據(jù)了。若病人開(kāi)始要求擁有更多健康數(shù)據(jù)的控制權(quán),并自愿為醫(yī)生提供數(shù)據(jù)——達(dá)德利相信人們將會(huì)開(kāi)始這么做——那么隱私權(quán)將變成人們無(wú)法完全控制的問(wèn)題,就像互聯(lián)網(wǎng)上的隱私權(quán)一樣。

可以肯定的是,當(dāng)保健系統(tǒng)受到壓縮成本和實(shí)行更多預(yù)防護(hù)理的壓力時(shí),這些想法將會(huì)起到更大的作用。達(dá)德利如是說(shuō)道,“許多人都在電腦上做研究,但我們真正需要的是創(chuàng)建一個(gè)含有復(fù)雜模型的醫(yī)療系統(tǒng)……這些模型幾乎每天都對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行運(yùn)算和預(yù)測(cè)。當(dāng)病人從電子醫(yī)療記錄系統(tǒng)獲得與自身相關(guān)的信息時(shí),該引擎始終在幕后運(yùn)行。”

原文鏈接:http://www.36dsj.com/archives/5439

責(zé)任編輯:彭凡 來(lái)源: 36大數(shù)據(jù)
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