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一次 Serverless 架構(gòu)改造實踐:基因樣本比對

云計算
本文將從代碼的角度,通過改造一個 Python 應用來幫助讀者從側(cè)面理解 Serverless,讓應用繼承 Serverless 架構(gòu)的優(yōu)點。

Serverless 是一種新興的無服務器架構(gòu),使用它,開發(fā)者只需專注于代碼,無需關(guān)心運維、資源交付或者部署。

本文將從代碼的角度,通過改造一個 Python 應用來幫助讀者從側(cè)面理解 Serverless,讓應用繼承 Serverless 架構(gòu)的優(yōu)點。

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現(xiàn)有資源:

  •  一個成熟的基因?qū)Ρ人惴?Python實現(xiàn),運行一次的時間花費為 2 秒)
  •  2020 個基因樣本文件(每個文件的大小為 2M,可以直接作為算法的輸入)
  • 一臺 8 核心云主機

基因檢測服務

我們使用上面的資源來對比兩個人的基因樣本并 print 對比結(jié)果(如:有直系血緣關(guān)系的概率)

我們構(gòu)造目錄結(jié)構(gòu)如下:

 

  1. ├── relation.py 
  2. └── samples 
  3.     ├── one.sample 
  4.     └── two.sample 

relations.py 代碼如下:

 

  1. import sys 
  2.  
  3. def relationship_algorithm(human_sample_one, human_sample_two): 
  4.     # it's a secret 
  5.     return result 
  6.  
  7. if __name__ == "__main__": 
  8.     length = len(sys.argv) 
  9.     # sys.argv is a list, the first element always be the script's name 
  10.     if length != 3: 
  11.         sys.stderr.write("Need two samples") 
  12.     else
  13.         # read the first sample 
  14.         with open(sys.argv[1], "r") as sample_one: 
  15.             sample_one_list = sample_one.readlines() 
  16.         # read the second sample 
  17.         with open(sys.argv[2], "r") as sample_two: 
  18.             sample_two_list = sample_two.readlines() 
  19.         # run the algorithm 
  20.         print relationship_algirithm(sample_one_list, sample_two_list) 

使用方法如下:

 

  1. ➜ python relation.py ./samples/one.sample ./samples/two.sample 
  2. ➜ 0.054 

流程比較簡單,從本地磁盤讀取兩個代表基因序列的文件,經(jīng)過算法計算,***返回結(jié)果

我們接到了如下業(yè)務需求

假設有 2000 人尋找自己的孩子,20 人尋找自己的父親

首先收集唾液樣本經(jīng)過專業(yè)儀器分析后,然后生成樣本文件并上傳到我們的主機上,一共 2020 個樣本文件,***我們需要運行上面的算法

  • 2000 * 20 = 40000(次)

才可完成需求,我們計算一下總花費的時間:

  • 40000(次) * 2(秒)= 80000 (秒)
  • 80000(秒)/ 60.0 / 60.0 ≈ 22.2(小時)

串行需要花費 22 小時才能算完,太慢了,不過我們的機器是 8 核心的,開 8 個進程一起算:

  • 22.2 / 8 ≈ 2.76(小時)

也要快 3 個小時,還是太慢,假設 8 核算力已經(jīng)到極限了,接下來如何優(yōu)化呢?

1.1.1 介紹一種 Serverless 產(chǎn)品:UGC

UCloud General Compute

一次 Serverless 架構(gòu)改造實踐:基因樣本比對

與 AWS 的 lambda 不同,UGC 允許你將計算密集型算法封裝為 Docker Image (后文統(tǒng)稱為「算法鏡像」),只需將算法鏡像 push 到指定的算法倉庫中,UGC 會將算法鏡像預先 pull 到一部分計算節(jié)點上,當你使用以下兩種形式:

  • 算法鏡像的名字和一些驗證信息通過 querystring 的形式 (例如:http://api.ugc.service.ucloud.cn?ImageName=relation&Token=!Q@W#E)
  • 算法鏡像所需的數(shù)據(jù)通過 HTTP body 的形式

特別構(gòu)造的 HTTP 請求發(fā)送到 UGC 的 API 服務時,「任務調(diào)度器」會幫你挑選已經(jīng) pull 成功算法鏡像的節(jié)點,并將請求調(diào)度過去,然后啟動此算法鏡像「容器」將此請求的 HTTP body 以標準輸入 stdin 的形式傳到容器中,經(jīng)過算法計算,再把算法的標準輸出 stdout 和標準錯誤 stderr 打成一個 tar 包,以 HTTP body 的形式返回給你,你只需要把返回的 body 當做 tar 包來解壓即可得到本次算法運行的結(jié)果。

講了這么多,這個產(chǎn)品使你可以把密集的計算放到了數(shù)萬的計算節(jié)點上,而不是我們小小的 8 核心機器,有數(shù)萬核心可供使用,那么如何使用如此海量的計算資源呢,程序需要小小的改造一下

1.1.2 針對此 Serverless 架構(gòu)的改造

兩部分:

  •  改造算法中元數(shù)據(jù)從「文件輸入」改為「標準輸入」,輸出改為「標準輸出」
  •  開發(fā)客戶端構(gòu)造 HTTP 請求,并提高并發(fā)

1. 改造算法輸入輸出

① 改造輸入為 stdin

  1. cat ./samples/one.sample ./samples/two.sample | python relation.py 

這樣把內(nèi)容通過管道交給 relation.py 的 stdin,然后在 relation.py 中通過以下方式拿到:

 

  1. import sys 
  2.  
  3. mystdin = sys.stdin.read() 
  4. # 這里的 mystdin 包含 ./samples/one.sample ./samples/two.sample 的全部內(nèi)容,無分隔,實際使用可以自己設定分隔符來拆分 

② 將算法的輸出數(shù)據(jù)寫入 stdout

 

  1. # 把標準輸入拆分為兩個 sample 
  2. sample_one, sample_two = separate(mystdin) 
  3.  
  4. # 改造算法的輸出為 STDOUT 
  5. def relationship_algorithm(sample_one, sample_two) 
  6.     # 改造前 
  7.     return result 
  8.     # 改造后 
  9.     sys.stdout.write(result) 

到此就改造完了,很快吧

2. 客戶端與并發(fā)

剛才我們改造了算法鏡像的邏輯(任務的執(zhí)行),現(xiàn)在我們來看一下任務的提交:

構(gòu)造 HTTP 請求并讀取返回結(jié)果

 

  1. imageName = "cn-bj2.ugchub.service.ucloud.cn/testbucket/relationship:0.1" 
  2. token = tokenManager.getToken() # SDK 有現(xiàn)成的 
  3.  
  4. # summitTask 構(gòu)造 HTTP 請求并將鏡像的 STDOUT 打成 tar 包返回 
  5. response = submitTask(imageName, token, data) 

它也支持異步請求

之前提到,此 Serverless 產(chǎn)品會將算法的標準輸出打成 tar 包放到 HTTP body 中返回給客戶端,所以我們準備此解包函數(shù):

 

  1. import tarfile 
  2. import io 
  3.  
  4. def untar(data): 
  5.     tar = tarfile.open(fileobj=io.BytesIO(data)) 
  6.     for member in tar.getmembers(): 
  7.         f = tar.extractfile(member) 
  8.         with open('result.txt','a') as resultf: 
  9.             strs = f.read() 
  10.             resultf.write(strs) 

解開 tar 包,并將結(jié)果寫入 result.txt 文件

假設我們 2200 個樣本文件的絕對路徑列表可以通過 get_sample_list 方法拿到

sample_2000_list, sample_20_list = get_sample_list()

計算 2000 個樣本與 20 個樣本的笛卡爾積,我們可以直接使用 itertools.product

 

  1. import itertools  
  2. all = list(itertools.product(sample_2000_list, sample_20_list))  
  3. assert len(all) == 40000 

結(jié)合上面的代碼段,我們封裝一個方法:

 

  1. def worker(two_file_tuple): 
  2.     sample_one_dir, sample_two_dir = two_file_tuple 
  3.  
  4.     with open(sample_one_dir) as onef: 
  5.         one_data = onef.read() 
  6.     with open(samle_two_dir) as twof: 
  7.         two_data = twof.read() 
  8.      
  9.     data = one_data + two_data 
  10.     response = summitTask(imageName, token, data) 
  11.     untar(response) 

因為構(gòu)造 HTTP 請求提交是 I/O 密集型而非計算密集型,所以我們使用協(xié)程池處理是非常高效的:

 

  1. import gevent.pool 
  2. import gevent.monkey 
  3. gevent.monkey.patch_all() # 猴子補丁 
  4.  
  5. pool = gevent.pool.Pool(200) 
  6. pool.map(worker, all

只是提交任務 200 并發(fā)很輕松

全部改造完成,我們來簡單分析一下:

之前是 8 個進程跑計算密集型算法,現(xiàn)在我們把計算密集型算法放到了 Serverless 產(chǎn)品中,因為客戶端是 I/O 密集型的,單機使用協(xié)程可以開很高的并發(fā),我們不貪心,按 200 并發(fā)來算:

一次 Serverless 架構(gòu)改造實踐:基因樣本比對

進階閱讀:上面這種情況下帶寬反而有可能成為瓶頸,我們可以使用 gzip 來壓縮 HTTP body,這是一個計算比較密集的操作,為了 8 核心算力的高效利用,可以將樣本數(shù)據(jù)分為 8 份,啟動 8 個進程,進程中再使用協(xié)程去提交任務就好了。

  • 40000 * 2 = 80000(秒)
  • 80000 / 200 = 400(秒)

也就是說進行

一組檢測只需要 400 秒,從之前的 7 天提高到 400 秒,成果斐然,圖表更直觀:

一次 Serverless 架構(gòu)改造實踐:基因樣本比對

 

而且算力瓶頸還遠未達到,任務提交的并發(fā)數(shù)還可以提升,再給我們一臺機器提交任務,便可以縮短到 200 秒,4 臺 100 秒,8 臺 50 秒...

最重要的是改造后的架構(gòu)還繼承了 Serverless 架構(gòu)的優(yōu)點:

  • 免運維
  • 高可用
  • 按需付費
  • 發(fā)布簡單

1. 免運維 -- 因為你沒有服務器了...

2. 高可用 -- Serverless 服務一般依托云計算的強大基礎(chǔ)設施,任何模塊都不會只有單點,都盡可能做到跨可用區(qū),或者跨交換機容災,而且本次使用的服務有一個有趣的機制:同一個任務,你提交一次,會被多個節(jié)點執(zhí)行,如果一個計算節(jié)點掛了,其他節(jié)點還可以正常返回,哪個先執(zhí)行完,先返回哪個。

3. 按需付費 -- 文中說每個算法執(zhí)行一次花費單核心 CPU 時間 2 秒,我們直接算一下花費

  • 2000 * 20 * 2 = 80000(秒)
  • 80000 / 60 / 60 = 22.22(小時)
  • 22.22(小時) * 0.09(元) * 1(核心) ~= 2(元)
  • 每核時 0.09 元(即單核心 CPU 時間 1 小時,計費 9 分錢)

4. 發(fā)布簡單 -- 因為使用 Docker 作為載體,所以它是語言無關(guān)的,而且發(fā)布也很快,代碼寫好直接上傳鏡像就好了,至于灰度,客戶端 imageName 指定不同版本即可區(qū)分不同代碼了

不同的 Serverless 產(chǎn)品可能有不同的改造方法,作為工程師,我比較喜歡這種方式,改造成本低,靈活性高,你覺得呢?如果對 Serverless 架構(gòu)或者 UGC 感興趣的話可以添加 u_nknow 微信拉你進交流群哦

責任編輯:未麗燕 來源: 51CTO.com
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