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學(xué)術(shù)出版業(yè)每年的價(jià)值超過 260 億美元。

有一個(gè)行業(yè)在采用數(shù)字化或開源工具方面已落后其它行業(yè)，那就是競爭與利潤并存的學(xué)術(shù)出版業(yè)。根據(jù) Stephen Buranyi 去年在 衛(wèi)報(bào) 上發(fā)表的一份圖表，這個(gè)估值超過 190 億英鎊（260 億美元）的行業(yè)，即使是最重要的科學(xué)研究方面，至今其系統(tǒng)在選題、出版甚至分享方面仍受限于印刷媒介的諸多限制。全新的數(shù)字時(shí)代科技展現(xiàn)了一個(gè)巨大機(jī)遇，可以加速探索、推動科學(xué)協(xié)作而非競爭，以及將投入從基礎(chǔ)建設(shè)導(dǎo)向有益于社會的研究。

非盈利性的 eLife 倡議 是由研究資金贊助方建立，旨在通過使用數(shù)字或者開源技術(shù)來走出上述僵局。除了為生命科學(xué)和生物醫(yī)療方面的重大成就出版開放式獲取的期刊，eLife 已將自己變成了一個(gè)在研究交流方面的實(shí)驗(yàn)和展示創(chuàng)新的平臺 —— 而大部分的實(shí)驗(yàn)都是基于開源精神的。

致力于開放出版基礎(chǔ)設(shè)施項(xiàng)目給予我們加速接觸、采用科學(xué)技術(shù)、提升用戶體驗(yàn)的機(jī)會。我們認(rèn)為這種機(jī)會對于推動學(xué)術(shù)出版行業(yè)是重要的。大而化之地說，開源產(chǎn)品的用戶體驗(yàn)經(jīng)常是有待開發(fā)的，而有時(shí)候這種情況會阻止其他人去使用它。作為我們在 OSS（開源軟件）開發(fā)中投入的一部分，為了鼓勵更多用戶使用這些產(chǎn)品，我們十分注重用戶體驗(yàn)。

我們所有的代碼都是開源的，并且我們也積極鼓勵社區(qū)參與進(jìn)我們的項(xiàng)目中。這對我們來說意味著更快的迭代、更多的實(shí)驗(yàn)、更大的透明度，同時(shí)也拓寬了我們工作的外延。

我們現(xiàn)在參與的項(xiàng)目，例如 Libero （之前稱作 eLife Continuum）和 可重現(xiàn)文檔棧Reproducible Document Stack 的開發(fā)，以及我們最近和 Hypothesis 的合作，展示了 OSS 是如何在評估、出版以及新發(fā)現(xiàn)的溝通方面帶來正面影響的。

Libero

Libero 是面向出版商的服務(wù)及應(yīng)用套餐，它包括一個(gè)后期制作出版系統(tǒng)、整套前端用戶界面樣式套件、Libero 的鏡頭閱讀器、一個(gè) Open API 以及一個(gè)搜索及推薦引擎。

去年我們采取了用戶驅(qū)動的方式重新設(shè)計(jì)了 Libero 的前端，可以使用戶較少地分心于網(wǎng)站的“陳設(shè)”，而是更多地集中關(guān)注于研究文章上。我們和 eLife 社區(qū)成員測試并迭代了該站點(diǎn)所有的核心功能，以確保給所有人***的閱讀體驗(yàn)。該網(wǎng)站的新 API 也為機(jī)器閱讀能力提供了更簡單的訪問途徑，其中包括文本挖掘、機(jī)器學(xué)習(xí)以及在線應(yīng)用開發(fā)。

我們網(wǎng)站上的內(nèi)容以及***新設(shè)計(jì)的樣式都是開源的，以鼓勵 eLife 和其它想要使用它的出版商后續(xù)的產(chǎn)品開發(fā)。

可重現(xiàn)文檔棧

在與 Substance 和 Stencila 的合作下，eLife 也參與了一個(gè)項(xiàng)目來創(chuàng)建可重現(xiàn)文檔棧（RDS）—— 一個(gè)開放式的創(chuàng)作、編纂以及在線出版可重現(xiàn)的計(jì)算型手稿的工具棧。

今天越來越多的研究人員能夠通過 R Markdown 和 Python 等語言記錄他們的計(jì)算實(shí)驗(yàn)。這些可以作為實(shí)驗(yàn)記錄的重要部分，但是盡管它們可以獨(dú)立于最終的研究文章或與之一同分享，但傳統(tǒng)出版流程經(jīng)常將它們視為次級內(nèi)容。為了發(fā)表論文，使用這些語言的研究人員除了將他們的計(jì)算結(jié)果用圖片的形式“扁平化”提交外別無他法。但是這導(dǎo)致了許多實(shí)驗(yàn)價(jià)值和代碼和計(jì)算數(shù)據(jù)可重復(fù)利用性的流失。諸如 Jupyter 這樣的電子筆記本解決方案確實(shí)可以使研究員以一種可重復(fù)利用、可執(zhí)行的簡單形式發(fā)布，但是這種方案仍然是出版的手稿的補(bǔ)充，而不是不可或缺的一部分。

可重現(xiàn)文檔棧 項(xiàng)目旨在通過開發(fā)、發(fā)布一個(gè)可重現(xiàn)原稿的產(chǎn)品原型來解決這些挑戰(zhàn)，該原型將代碼和數(shù)據(jù)視為文檔的組成部分，并展示了從創(chuàng)作到出版的完整端對端技術(shù)棧。它將最終允許用戶以一種包含嵌入代碼塊和計(jì)算結(jié)果（統(tǒng)計(jì)結(jié)果、圖表或圖形）的形式提交他們的手稿，并在出版過程中保留這些可視、可執(zhí)行的部分。那時(shí)出版商就可以將這些做為出版的在線文章的組成部分而保存。

用 Hypothesis 進(jìn)行開放式注解

最近，我們與 Hypothesis 合作引進(jìn)了開放式注解，使得我們網(wǎng)站的用戶們可以寫評語、高亮文章重要部分以及與在線閱讀的群體互動。

通過這樣的合作，開源的 Hypothesis 軟件被定制得更具有現(xiàn)代化的特性，如單次登錄驗(yàn)證、用戶界面定制，給予了出版商在他們自己網(wǎng)站上實(shí)現(xiàn)更多的控制。這些提升正引導(dǎo)著關(guān)于出版學(xué)術(shù)內(nèi)容的高質(zhì)量討論。

這個(gè)工具可以無縫集成到出版商的網(wǎng)站，學(xué)術(shù)出版平臺 PubFactory 和內(nèi)容解決方案供應(yīng)商 Ingenta 已經(jīng)利用了它優(yōu)化后的特性集。HighWire 和 Silverchair 也為他們的出版商提供了實(shí)施這套方案的機(jī)會。

其它產(chǎn)業(yè)和開源軟件

隨著時(shí)間的推移，我們希望看到更多的出版商采用 Hypothesis、Libero 以及其它開源項(xiàng)目去幫助他們促進(jìn)重要科學(xué)研究的發(fā)現(xiàn)以及循環(huán)利用。但是 eLife 的創(chuàng)新機(jī)遇也能被其它行業(yè)所利用，因?yàn)檫@些軟件和其它 OSS 技術(shù)在其他行業(yè)也很普遍。

數(shù)據(jù)科學(xué)的世界離不開高質(zhì)量、良好支持的開源軟件和圍繞它們形成的社區(qū)；TensorFlow 就是這樣一個(gè)好例子。感謝 OSS 以及其社區(qū)，AI 和機(jī)器學(xué)習(xí)的所有領(lǐng)域相比于計(jì)算機(jī)的其它領(lǐng)域的提升和發(fā)展更加迅猛。與之類似的是以 Linux 作為云端 Web 主機(jī)的爆炸性增長、接著是 Docker 容器、以及現(xiàn)在 GitHub 上***的開源項(xiàng)目之一的 Kubernetes 的增長。

所有的這些技術(shù)使得機(jī)構(gòu)們能夠用更少的資源做更多的事情，并專注于創(chuàng)新而不是重新發(fā)明輪子上。***，這就是 OSS 真正的好處：它使得我們從互相的失敗中學(xué)習(xí)，在互相的成功中成長。

我們總是在尋找與研究和科技界面方面***的人才和想法交流的機(jī)會。你可以在 eLife Labs 上或者聯(lián)系 innovation@elifesciences.org 找到更多這種交流的信息。