Bitmap、RoaringBitmap原理分析
作者:京東科技 曹留界
在人群本地化實(shí)踐中我們介紹了人群ID中所有的pin的偏移量可以通過Bitmap存儲,而Bitmap所占用的空間大小只與偏移量的最大值有關(guān)系。假如現(xiàn)在要向Bitmap內(nèi)存入兩個pin對應(yīng)的偏移量,一個偏移量為1,另一個偏移量為100w,那么Bitmap存儲直接需要100w bit的空間嗎?數(shù)據(jù)部將偏移量存入Bitmap時,又如何解決數(shù)據(jù)稀疏問題呢?本文將為大家解答這個問題。
一、BitMap
Bitmap的基本思想就是用一個bit位來標(biāo)記某個元素對應(yīng)的Value,而Key即是該元素。由于采用了Bit為單位來存儲數(shù)據(jù),因此可以大大節(jié)省存儲空間。
如果想將數(shù)字2存入位圖中,則只需要將位圖數(shù)組中下標(biāo)為2的數(shù)組值置為1。
但是,如果現(xiàn)在要存儲兩個人群ID對應(yīng)的偏移量,一個偏移量為1,另一個偏移量為100w,如果將這兩個值直接放到位圖數(shù)組中,那么位圖數(shù)組所需要的空間就是100wbit,會產(chǎn)生大量的空間浪費(fèi)。那么有什么方法可以避免空間浪費(fèi)嗎?答案就是RoaringBitMap!
二、RoaringBitMap
RoaringBitMap是一種高效壓縮位圖,簡稱RBM。RBM的概念于2016年由S. Chambi、D. Lemire、O. Kaser等人在論文《Better bitmap performance with Roaring bitmaps》 《Consistently faster and smaller compressed bitmaps with Roaring》中提出。下面我們結(jié)合java中的實(shí)現(xiàn)對其進(jìn)行介紹。
2.1 實(shí)現(xiàn)思路
RBM主要將32位的整型(int)分為高16位和低16位(兩個short),其中高16位對應(yīng)的數(shù)字使用16位整型有序數(shù)組存儲,低16位根據(jù)不同的情況選擇三種不同的container來存儲,這三種container分別為:
?Array Container
底層數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)為short類型的數(shù)組,直接將數(shù)字低16位的值存儲到該數(shù)組中。short類型的數(shù)組始終保持有序,方便使用二分查找,且不會存儲重復(fù)數(shù)值。因?yàn)檫@種Container存儲數(shù)據(jù)沒有任何壓縮,因此只適合存儲少量數(shù)據(jù)。其內(nèi)部數(shù)組容量是動態(tài)變化的,當(dāng)容量不夠時會進(jìn)行擴(kuò)容,最大容量為4096。由于數(shù)組是有序的,存儲和查詢時都可以通過二分查找快速定位其在數(shù)組中的位置。
ArrayContainer占用的空間大小與存儲的數(shù)據(jù)量為線性關(guān)系,每個short為2字節(jié),因此存儲了N個數(shù)據(jù)的ArrayContainer占用空間大致為2N字節(jié)。存儲一個數(shù)據(jù)占用2字節(jié),存儲4096個數(shù)據(jù)占用8kb。
?Bitmap Container
底層實(shí)現(xiàn)為位圖。這種Container使用long[]存儲位圖數(shù)據(jù)。我們知道,每個Container處理16位整形的數(shù)據(jù),也就是0~65535,因此根據(jù)位圖的原理,需要65536個比特來存儲數(shù)據(jù),每個比特位用1來表示有,0來表示無。每個long有64位,因此需要1024個long來提供65536個比特。
因此,每個BitmapContainer在構(gòu)建時就會初始化長度為1024的long[]。這就意味著,不管一個BitmapContainer中只存儲了1個數(shù)據(jù)還是存儲了65536個數(shù)據(jù),占用的空間都是同樣的8kb。
?Run Container
RunContainer中的Run指的是行程長度壓縮算法(Run Length Encoding),對連續(xù)數(shù)據(jù)有比較好的壓縮效果。
它的原理是,對于連續(xù)出現(xiàn)的數(shù)字,只記錄初始數(shù)字和后續(xù)數(shù)量。即:
?對于數(shù)列11,它會壓縮為11,0;
?對于數(shù)列11,12,13,14,15,它會壓縮為11,4;
?對于數(shù)列11,12,13,14,15,21,22,它會壓縮為11,4,21,1;
源碼中的short[] valueslength中存儲的就是壓縮后的數(shù)據(jù)。
這種壓縮算法的性能和數(shù)據(jù)的連續(xù)性(緊湊性)關(guān)系極為密切,對于連續(xù)的100個short,它能從200字節(jié)壓縮為4字節(jié),但對于完全不連續(xù)的100個short,編碼完之后反而會從200字節(jié)變?yōu)?00字節(jié)。
如果要分析RunContainer的容量,我們可以做下面兩種極端的假設(shè):
最好情況,即只存在一個數(shù)據(jù)或只存在一串連續(xù)數(shù)字,那么只會存儲2個short,占用4字節(jié)
最壞情況,0~65535的范圍內(nèi)填充所有的奇數(shù)位(或所有偶數(shù)位),需要存儲65536個short,128kb
也就RBM在存入一個32位的整形數(shù)字時,會先按照該數(shù)字的高16位進(jìn)行分桶,以確定該數(shù)字要存入到哪個桶中。確定好分桶位置后,再將該數(shù)字對應(yīng)的低16位放入到當(dāng)前桶所對應(yīng)的container中。
舉個栗子
以十進(jìn)制數(shù)字131122為例,現(xiàn)在我們要將該數(shù)字放入到RBM中。第一步,先將該數(shù)字轉(zhuǎn)換為16進(jìn)制,131122對應(yīng)的十六進(jìn)制為0x00020032;其中,高十六位對應(yīng)0x0002,首先我們找到0x0002所在的桶,再將131122的低16位存入到對應(yīng)的container中,131122的低16位轉(zhuǎn)換為10進(jìn)制就是50,沒有超過ArrayContainer的容量4096,所以將低16位直接放入到對應(yīng)的ArrayContainer中。
如果要插入的數(shù)字低16位超過了4096,RBM會將ArrayContainer轉(zhuǎn)換為BitMapContainer。反之,如果數(shù)據(jù)在刪除之后,數(shù)組中的最大數(shù)據(jù)小于4096,RBM會將BitMapContainer轉(zhuǎn)換回ArrayContainer。
RBM處理的是32位的數(shù)字,如果我們想處理Long類型的數(shù)字怎么辦呢?這個時候可以使用Roaring64NavigableMap。Roaring64NavigableMap也是使用拆分模式,將一個long類型數(shù)據(jù),拆分為高32位與低32位,高32位代表索引,低32位存儲到對應(yīng)RoaringBitmap中,其內(nèi)部是一個TreeMap類型的結(jié)構(gòu),會按照signed或者unsigned進(jìn)行排序,key代表高32位,value代表對應(yīng)的RoaringBitmap。
三、空間占用對比
1、連續(xù)數(shù)據(jù)
分別向位圖中插入1w、10w、100w、1000w條連續(xù)數(shù)據(jù),并且對比BitMap和RoaringBitMap占用空間的大小。比較結(jié)果如下表所示:
10w數(shù)據(jù)占用空間 | 100w數(shù)據(jù)占用空間 | 1000w數(shù)據(jù)占用空間 | |
BitMap | 97.7KB | 976.6KB | 9.5MB |
RoaringBitMap | 16KB | 128KB | 1.2MB |
@Test
public void testSizeOfBitMap() {
//對比占用空間大小 - 10w元素
RoaringBitmap roaringBitmap3 = new RoaringBitmap();
byte[] bits2 = new byte[100000];
for (int i = 0; i < 100000; i++) {
roaringBitmap3.add(i);
bits2[i] = (byte) i;
}
System.out.println("10w數(shù)據(jù) roaringbitmap byte size:"+ roaringBitmap3.getSizeInBytes());
System.out.println("10w數(shù)據(jù) 位圖數(shù)組 byte size:"+bits2.length);
RoaringBitmap roaringBitmap4 = new RoaringBitmap();
byte[] bits3 = new byte[1000000];
for (int i = 0; i < 1000000; i++) {
roaringBitmap4.add(i);
bits3[i] = (byte) i;
}
System.out.println("100w數(shù)據(jù) roaringbitmap byte size:"+ roaringBitmap4.getSizeInBytes());
System.out.println("100w數(shù)據(jù) 位圖數(shù)組 byte size:"+bits3.length);
RoaringBitmap roaringBitmap5 = new RoaringBitmap();
byte[] bits4 = new byte[10000000];
for (int i = 0; i < 10000000; i++) {
roaringBitmap5.add(i);
bits4[i] = (byte) i;
}
System.out.println("1000w數(shù)據(jù) roaringbitmap byte size:"+ roaringBitmap5.getSizeInBytes());
System.out.println("1000w數(shù)據(jù) 位圖數(shù)組 byte size:"+bits4.length);
}
運(yùn)行截圖:
2、稀疏數(shù)據(jù)
我們知道,位圖所占用空間大小只和位圖中索引的最大值有關(guān)系,現(xiàn)在我們向位圖中插入1和999w兩個偏移量位的元素,再次對比BitMap和RoaringBitMap所占用空間大小。
占用空間 | |
BitMap | 9.5MB |
RoaringBitMap | 24Byte |
@Test
public void testSize() {
RoaringBitmap roaringBitmap5 = new RoaringBitmap();
byte[] bits4 = new byte[10000000];
for (int i = 0; i < 10000000; i++) {
if (i == 1 || i == 9999999) {
roaringBitmap5.add(i);
bits4[i] = (byte) i;
}
}
System.out.println("兩個稀疏數(shù)據(jù) roaringbitmap byte size:"+ roaringBitmap5.getSizeInBytes());
System.out.println("兩個稀疏數(shù)據(jù) 位圖數(shù)組 byte size:"+bits4.length);
}
運(yùn)行截圖: