在生物信息學(xué)領(lǐng)域，每一次探索都可能觸及新的領(lǐng)域，每一次的合作都可能孕育出創(chuàng)新的火花。

為了促進(jìn)生信領(lǐng)域的交流與合作，共建“開放、創(chuàng)新、合作、共贏”新生態(tài)，在中國計(jì)算機(jī)學(xué)會(huì)和廣州實(shí)驗(yàn)室指導(dǎo)下，火山引擎和 Intel 聯(lián)合發(fā)起 CCF 開源創(chuàng)新大賽暨第二屆 Bio-OS 開源開放大賽。大賽以“開源共贏，科學(xué)無限”為宗旨，構(gòu)建 Bio-OS 社區(qū)的開源生態(tài)。

11 月 12 日，CCF 開源創(chuàng)新大賽暨第二屆 Bio-OS 開源開放大賽圓滿落幕。本屆大賽共有297支團(tuán)隊(duì)參賽。在激烈的決賽中，“樂想事成”團(tuán)隊(duì)在6支參賽隊(duì)伍中脫穎而出，榮獲“論文復(fù)現(xiàn)賽道”的冠軍；“綠瓦生信”團(tuán)隊(duì)在5支參賽隊(duì)伍中一馬當(dāng)先，奪取“任務(wù)挑戰(zhàn)賽道”第一名；“抗體三次方”團(tuán)隊(duì)?wèi){借實(shí)力，戰(zhàn)勝了10支參賽隊(duì)伍，在“AI 算法賽道”中摘得桂冠！

Bio-OS 開源開放大賽不僅是一場競賽，更是一個(gè)集結(jié)智慧、激發(fā)創(chuàng)新、促進(jìn)合作的交流平臺，參賽者們不僅有機(jī)會(huì)展現(xiàn)自己的才智，還能與其他優(yōu)秀人才交流思想、碰撞火花。那么本次參賽選手都有哪些收獲呢？

群英薈萃，啟迪生信創(chuàng)新靈感

本屆大賽吸引了眾多來自高校和企業(yè)的優(yōu)秀選手，他們參與比賽的主要?jiǎng)恿υ谟趪L試運(yùn)用理論知識、挑戰(zhàn)自我，還有的選手則是與 Bio-OS 開源開放大賽不期而遇。

獲得論文復(fù)現(xiàn)賽道一等獎(jiǎng)的“樂想事成”團(tuán)隊(duì)和 AI 算法賽道二等獎(jiǎng)的“Better++”團(tuán)隊(duì)均由高校學(xué)生組成，他們選擇了與自己專業(yè)相關(guān)的賽道，想要嘗試將理論知識應(yīng)用于實(shí)踐，以此增強(qiáng)實(shí)操技能。

有些選手則是因?yàn)榕既坏臋C(jī)會(huì)與 Bio-OS 開源開放大賽結(jié)緣。AI 算法賽道一等獎(jiǎng)的“抗體三次方”團(tuán)隊(duì)在網(wǎng)絡(luò)平臺上了解到了 Bio-OS 開源開放大賽，并被其挑戰(zhàn)性所吸引，因此選擇參賽；任務(wù)挑戰(zhàn)賽二等獎(jiǎng)的“嶄晴生物”團(tuán)隊(duì)則是在第十屆計(jì)算生物學(xué)大會(huì) NCCBB 中，偶然與火山引擎的參展商進(jìn)行交流后被鼓勵(lì)參賽。

此外，也有選手是第二次參加比賽。陳哲名所在的“且行之隊(duì)”獲得了論文復(fù)現(xiàn)賽道三等獎(jiǎng)，也是第二次參賽的選手，他表示參賽主要是為了克服自己的惰性，同時(shí)也想學(xué)習(xí)優(yōu)秀作者的科研思路，而 Bio-OS 開源開放大賽正好提供了這一渠道和機(jī)會(huì)。論文復(fù)現(xiàn)賽道二等獎(jiǎng)“堿基跳動(dòng)”團(tuán)隊(duì)的陳宗貴同樣也是第二次參賽，他表示去年參賽的成績不理想，所以今年選擇重振旗鼓。而在今年的比賽中，他發(fā)現(xiàn) Bio-OS 平臺新增了開發(fā)者模式，為構(gòu)建流程的開發(fā)者提供了便利。

自我突破，將經(jīng)驗(yàn)融入未來科研道路

本次大賽共有三個(gè)賽道，每個(gè)賽道都有不同的難點(diǎn)。而選手們不僅克服了賽道中的難點(diǎn)，還克服了時(shí)間緊、工作與比賽沖突、不了解 Bio-OS 平臺等難題，實(shí)現(xiàn)了自我突破。

在論文復(fù)現(xiàn)賽道中，理解論文的核心思路并補(bǔ)充缺失的代碼對于參賽選手來說是最大的挑戰(zhàn)?！扒倚兄?duì)”和“堿基跳動(dòng)”團(tuán)隊(duì)認(rèn)為，論文提供的源代碼非常有限，所以需要根據(jù)花費(fèi)大量的時(shí)間和精力理解文章。然而，在克服這一困難后，選手們發(fā)現(xiàn)自己不僅學(xué)習(xí)了頂尖作者的科研思路和經(jīng)驗(yàn)，對工作或?qū)W習(xí)有幫助，還增強(qiáng)了對標(biāo)準(zhǔn)化和平臺化的認(rèn)識。

任務(wù)挑戰(zhàn)賽需要參賽團(tuán)隊(duì)打造集成生物信息分析的智慧應(yīng)用。開發(fā)應(yīng)用則需要開發(fā)者以用戶需求和體驗(yàn)為先，重視工作流程的搭建和操作文檔的編寫，從而提高應(yīng)用的可用性?！皪淝缟铩眻F(tuán)隊(duì)在比賽中意識到了這一點(diǎn)，他們致力于構(gòu)建以用戶體驗(yàn)為先的工作流程。這一策略不僅幫助他們在比賽中取得了優(yōu)秀的成績，也讓他們學(xué)會(huì)了如何在未來的工作中更有效地滿足用戶需求，提供更優(yōu)質(zhì)的服務(wù)。

除了與時(shí)間賽跑和攻克賽題的難點(diǎn)，團(tuán)隊(duì)合作同樣是取勝的關(guān)鍵因素之一。實(shí)際上，團(tuán)隊(duì)間的協(xié)作比單個(gè)成員的能力更為關(guān)鍵，這要求每位成員不僅要發(fā)揮自己的專長，還要相互支持，攜手面對挑戰(zhàn)，共同克服困難。“樂想事成”團(tuán)隊(duì)和“抗體三次方”團(tuán)隊(duì)正是掌握了這一訣竅，使得團(tuán)隊(duì)分別榮獲論文復(fù)現(xiàn)賽道和 AI 算法賽道的一等獎(jiǎng)。

指導(dǎo)老師的幫助對于他們來說也同樣重要。“樂想事成”團(tuán)隊(duì)的指導(dǎo)老師是杜萌澤，杜萌澤老師在整個(gè)暑假期間監(jiān)督團(tuán)隊(duì)打卡和匯報(bào)進(jìn)度，同時(shí)指出問題并提供指導(dǎo)。“抗體三次方”團(tuán)隊(duì)則表示，隨著模型變得越來越大，算力成為了一個(gè)瓶頸。為了鼓勵(lì)和支持他們參加比賽，北京協(xié)和醫(yī)院為他們提供了高性能計(jì)算平臺，北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院的王曉月教授也給予了寶貴的幫助和專業(yè)的指導(dǎo)。

Bio-OS 平臺賦能，點(diǎn)亮科研道路的新火花

Bio-OS 平臺在本次大賽中扮演了核心的支撐角色，為參賽選手帶來了諸多便利。參賽者普遍對 Bio-OS 平臺的使用體驗(yàn)給予了積極的評價(jià)，他們認(rèn)為 Bio-OS 平臺不僅在比賽過程中發(fā)揮了重要作用，而且對生信領(lǐng)域的科研活動(dòng)也具有深遠(yuǎn)的意義。

“且行之隊(duì)”“樂想事成”和“堿基跳動(dòng)”團(tuán)隊(duì)認(rèn)為，Bio-OS 平臺的流暢性、穩(wěn)定性以及資源調(diào)用的靈活性對于比賽有很大的幫助。在處理大量數(shù)據(jù)時(shí)，Bio-OS 平臺能夠在保障穩(wěn)定和流暢的同時(shí)，根據(jù)數(shù)據(jù)處理的不同階段靈活調(diào)整資源配置，在參數(shù)設(shè)置上也能為用戶提供的多樣化選擇，為大規(guī)模數(shù)據(jù)處理提供了有力支持。此外，Bio-OS 平臺開源開放的特性對科研知識共享和傳播也具有重要意義，有助于推動(dòng)科學(xué)界的知識公開和研究透明度。

而“抗體三次方”“Better++”和“嶄晴生物”團(tuán)隊(duì)表示，Bio-OS 平臺是面向大眾、使用門檻低的平臺，它能夠封裝分析流程，讓不會(huì)編程的生物科學(xué)家快速上手復(fù)雜的分析工作，更無需關(guān)注運(yùn)行環(huán)境、 Bug 等細(xì)節(jié)問題，從而大大降低科研工作的時(shí)間成本，提高科研效率。

在科研領(lǐng)域進(jìn)入第五范式后，人工智能的應(yīng)用變得愈發(fā)重要。在本次比賽中，“嶄晴生物”團(tuán)隊(duì)利用了 Bio-OS 平臺鏈接的豆包大模型進(jìn)行了生物學(xué)功能的注釋，為團(tuán)隊(duì)提供了參考結(jié)果。他們認(rèn)為，這只是大模型應(yīng)用在生信領(lǐng)域的初步階段，隨著大模型的進(jìn)一步迭代，未來或許可以在大模型中內(nèi)置參數(shù)設(shè)置和用戶交互，實(shí)現(xiàn)代碼的自動(dòng)生成和輸出，從而更好地實(shí)現(xiàn)可視化，幫助用戶選擇最佳的分析路徑，優(yōu)化工作流程。

CCF 開源創(chuàng)新大賽暨第二屆 Bio-OS 開源開放大賽的圓滿落幕讓我們共同見證了科技與生物信息的碰撞，更感受到了生物信息學(xué)領(lǐng)域未來發(fā)展的強(qiáng)勁脈搏。每一位參賽者，每一個(gè)參賽團(tuán)隊(duì)，都在比賽中收獲了寶貴的經(jīng)驗(yàn)，也推動(dòng)了 Bio-OS 平臺在 AI4S 領(lǐng)域的應(yīng)用。