隨著科技的飛速發(fā)展，生命科學(xué)已經(jīng)成為一個(gè)跨學(xué)科融合的前沿領(lǐng)域。然而，這一領(lǐng)域的工具和資源一直面臨著標(biāo)準(zhǔn)化和規(guī)范化的挑戰(zhàn)。Bio-OS平臺(tái)的出現(xiàn)，不僅為科研人員提供了一個(gè)高效、便捷、可復(fù)現(xiàn)的分析環(huán)境，還為學(xué)生和新入行者提供了學(xué)習(xí)和實(shí)踐的平臺(tái)，極大地推動(dòng)了生命科學(xué)的發(fā)展和教育。

為了進(jìn)一步推動(dòng)國(guó)內(nèi)生命科學(xué)領(lǐng)域的交流與合作，構(gòu)建一個(gè)“開放、創(chuàng)新、合作、共贏”的科研新生態(tài)，CCF開源創(chuàng)新大賽暨第二屆Bio-OS開源開放大賽于近日盛大啟動(dòng)。為了深入了解Bio-OS平臺(tái)的價(jià)值和影響，51CTO采訪了本屆大賽的主席、大賽的合作方、往屆參賽團(tuán)隊(duì)的指導(dǎo)老師以及參賽選手，分享了他們對(duì)Bio-OS平臺(tái)的獨(dú)到見(jiàn)解和深刻認(rèn)識(shí)，以及他們?cè)趨①愡^(guò)程中的寶貴經(jīng)驗(yàn)，為我們揭示了Bio-OS 這一平臺(tái)在推動(dòng)生命科學(xué)發(fā)展中所扮演的重要角色。

Bio-OS應(yīng)運(yùn)而生，賦能科研新時(shí)代

長(zhǎng)久以來(lái)，生物信息學(xué)領(lǐng)域呈現(xiàn)出了多樣化的數(shù)據(jù)庫(kù)、分析工具、開源算法庫(kù)、軟件包和軟件支撐系統(tǒng)，這些資源來(lái)自各個(gè)研究機(jī)構(gòu)和企業(yè)，它們?cè)诓煌I(lǐng)域內(nèi)獨(dú)立開發(fā)，以支持生物信息學(xué)分析系統(tǒng)的構(gòu)建與部署。然而，由于缺乏統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)和規(guī)范，這些工具往往各自為政，難以形成統(tǒng)一的研發(fā)范式，也無(wú)法廣泛成為生物信息技術(shù)和大數(shù)據(jù)處理的有力支撐體系。

隨著生物信息學(xué)不斷融入人工智能、大數(shù)據(jù)等前沿技術(shù)，其跨學(xué)科特性愈發(fā)顯著。在這一背景下，Bio-OS平臺(tái)的應(yīng)運(yùn)而生誕生。正如本屆大賽主席，廣州實(shí)驗(yàn)室研究員，博士生導(dǎo)師，科學(xué)數(shù)據(jù)平臺(tái)主任李亦學(xué)所強(qiáng)調(diào)的，面對(duì)大數(shù)據(jù)時(shí)代數(shù)據(jù)密集型科研第四范式和AI4Science第五范式所帶來(lái)的科研挑戰(zhàn)，廣州實(shí)驗(yàn)室與火山引擎攜手打造了Bio-OS平臺(tái)，提供了標(biāo)準(zhǔn)化、規(guī)范化的生物信息學(xué)分析工具和環(huán)境，以應(yīng)對(duì)生信領(lǐng)域的變革。

Bio-OS平臺(tái)不僅顯著降低了生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)挖掘的復(fù)雜度，還能靈活便捷地構(gòu)建符合研究任務(wù)需求的大數(shù)據(jù)分析工作流。其結(jié)果的可復(fù)現(xiàn)性使得研究人員能夠更專注于本領(lǐng)域的科學(xué)問(wèn)題，從而加速科學(xué)發(fā)現(xiàn)并提高研究效率。對(duì)于高校學(xué)子而言，Bio-OS平臺(tái)同樣提供了豐富的實(shí)踐機(jī)會(huì)，他們可以通過(guò)平臺(tái)靈活設(shè)置實(shí)踐課程，進(jìn)行基礎(chǔ)的生物信息學(xué)學(xué)習(xí)和訓(xùn)練，迅速成長(zhǎng)為生物信息學(xué)領(lǐng)域的技術(shù)專家和能手，為科研事業(yè)貢獻(xiàn)更多力量。

廣州金域基因檢測(cè)中心生物信息部主任孫明明認(rèn)為，Bio-OS平臺(tái)是一種全新的模式，它不僅提供了數(shù)據(jù)分享的功能，還集成了眾多先進(jìn)工具。這一平臺(tái)將生物信息學(xué)與云平臺(tái)緊密結(jié)合，使學(xué)習(xí)者和研究者能夠更方便地分享數(shù)據(jù)和工具，不再受限于自己的科研院所或公司。這種開放性不僅拓寬了整個(gè)生物信息產(chǎn)業(yè)鏈的視野，也為生物信息學(xué)領(lǐng)域的創(chuàng)新和發(fā)展注入了新的活力。

作為此次大賽的合作方，尋因生物在數(shù)據(jù)資源和技術(shù)方面提供相應(yīng)的支持。除了對(duì)大賽的支持以外，尋因生物也正在將部分業(yè)務(wù)遷移到Bio-OS平臺(tái)。尋因生物生信總監(jiān)張廣鑫也非常認(rèn)同Bio-OS平臺(tái)的設(shè)計(jì)理念?！癇io-OS是一個(gè)開放的平臺(tái)，用戶可以共享分析的軟件、環(huán)境和代碼，同時(shí)提供公有的數(shù)據(jù)集供用戶使用，還可以方便得調(diào)用私有的數(shù)據(jù)，并且保護(hù)數(shù)據(jù)安全。Bio-OS平臺(tái)可以幫助用戶提升分析效率，減少計(jì)算資源和計(jì)算環(huán)境的關(guān)注，將更多時(shí)間和精力集中在生物特征和生物現(xiàn)象本身。并且Bio-OS平臺(tái)底座是在火山引擎上，公有云的方式也減少了我們對(duì)計(jì)算資源焦慮的痛苦?！?/span>

Bio-OS驅(qū)動(dòng)多領(lǐng)域生命科學(xué)價(jià)值創(chuàng)新

隨著生命科學(xué)領(lǐng)域的飛速發(fā)展，對(duì)高效、可靠、可復(fù)現(xiàn)的分析平臺(tái)的需求日益迫切。Bio-OS平臺(tái)不僅滿足了這些核心需求，更為多個(gè)領(lǐng)域帶來(lái)了前所未有的價(jià)值。無(wú)論是提升科研效率、推動(dòng)學(xué)術(shù)交流，還是助力人才培養(yǎng)，Bio-OS平臺(tái)都展現(xiàn)出了其獨(dú)特的魅力和深遠(yuǎn)的影響力。

據(jù)了解，Bio-OS平臺(tái)以其云原生架構(gòu)體系和GA4GH規(guī)范標(biāo)準(zhǔn)的支持，展現(xiàn)了其在生命科學(xué)領(lǐng)域的獨(dú)特優(yōu)勢(shì)。這一平臺(tái)不僅確保了分析流程的可移植性，還踐行了“一次構(gòu)建，處處運(yùn)行”的云原生理念，使得生命科學(xué)領(lǐng)域的研究人員能夠輕松一鍵開啟生物信息學(xué)分析，大大提高了科研效率。

西安電子科技大學(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)與技術(shù)專業(yè)計(jì)算生物信息學(xué)研究所研三學(xué)生黃朝陽(yáng)指出，生信論文復(fù)現(xiàn)環(huán)節(jié)常常面臨多重挑戰(zhàn)，任何一個(gè)環(huán)節(jié)的失誤都可能導(dǎo)致無(wú)法復(fù)現(xiàn)的結(jié)果。然而，Bio-OS平臺(tái)通過(guò)打包整個(gè)實(shí)驗(yàn)流程，極大地簡(jiǎn)化了這一流程。研究人員無(wú)需自行配置代碼搭建環(huán)境，只需登錄Bio-OS平臺(tái)，一鍵運(yùn)行，上傳數(shù)據(jù)，符合規(guī)范后即可迅速獲得分析結(jié)果。這種便捷性大大降低了論文復(fù)現(xiàn)的門檻，為科研工作者帶來(lái)了極大的便利。

對(duì)于高校和科研機(jī)構(gòu)而言，Bio-OS平臺(tái)是一個(gè)實(shí)踐平臺(tái)，可幫助學(xué)生和研究者更好地培養(yǎng)數(shù)據(jù)思維、掌握必要的技術(shù)和分析思路。成都東軟學(xué)院健康醫(yī)療科技學(xué)院杜萌澤老師強(qiáng)調(diào)，數(shù)據(jù)在生物信息學(xué)中占據(jù)著舉足輕重的地位。過(guò)去，科研數(shù)據(jù)多來(lái)源于已發(fā)表的文章，這些數(shù)據(jù)通常存放在公共數(shù)據(jù)庫(kù)中，且對(duì)數(shù)據(jù)輸出的限制較多。但Bio-OS平臺(tái)，可讓數(shù)據(jù)獲取以及后續(xù)復(fù)現(xiàn)環(huán)境搭建變得更加簡(jiǎn)單，從而也提高了數(shù)據(jù)的可復(fù)現(xiàn)性。通過(guò)平臺(tái)上的實(shí)時(shí)交互分析環(huán)境和數(shù)據(jù)管理工具，學(xué)生可以更快地掌握生物信息學(xué)的基本知識(shí)和技能，為未來(lái)的科研創(chuàng)新打下堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。

上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院主治醫(yī)師、Hiplot平臺(tái)創(chuàng)始人兼首席技術(shù)顧問(wèn)王銘杰對(duì)Bio-OS平臺(tái)給予了高度評(píng)價(jià)。他認(rèn)為Bio-OS不僅是一個(gè)超前的理念，更是未來(lái)生物信息學(xué)發(fā)展的長(zhǎng)遠(yuǎn)著眼點(diǎn)。他表示，Bio-OS的設(shè)計(jì)理念與國(guó)際一流的生物信息云平臺(tái)保持一致，以Workspace為核心理念構(gòu)建生信分析工作環(huán)境，并在工具、技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)、數(shù)據(jù)管理、任務(wù)執(zhí)行與調(diào)度等方面實(shí)現(xiàn)了規(guī)范統(tǒng)一。這一平臺(tái)的出現(xiàn)有望促進(jìn)不同醫(yī)院和研究所之間的數(shù)據(jù)和技術(shù)交流，進(jìn)一步弱化壁壘，推動(dòng)整個(gè)生物信息學(xué)領(lǐng)域的發(fā)展。

Bio-OS平臺(tái)無(wú)疑為生命科學(xué)領(lǐng)域注入了新的活力。它不僅以其高效、便捷的特性，讓科研工作者們能夠更輕松地應(yīng)對(duì)挑戰(zhàn)，更以其開放、共享的精神，促進(jìn)了不同領(lǐng)域間的交流與合作。

Bio-OS開源開放大賽開啟，精英經(jīng)驗(yàn)分享

Bio-OS開源開放大賽是面向生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域相關(guān)高校、科研機(jī)構(gòu)、企業(yè)等從業(yè)人員的全國(guó)性公益大賽。2023年，首屆大賽就吸引了來(lái)自全球45所高校、16所科研機(jī)構(gòu)、8家企業(yè)接近200支團(tuán)隊(duì)、400多名選手參與。經(jīng)過(guò)一個(gè)多月的激烈角逐、層層選拔，最終25支參賽團(tuán)隊(duì)榮獲大賽各個(gè)獎(jiǎng)項(xiàng)。

2024年，CCF開源創(chuàng)新大賽暨第二屆Bio-OS開源開放大賽也于近日正式開賽。本屆大賽更是在中國(guó)計(jì)算機(jī)學(xué)會(huì)和廣州實(shí)驗(yàn)室的聯(lián)合指導(dǎo)下，由火山引擎和 Intel 聯(lián)合主辦，協(xié)辦單位包括中國(guó)生物信息學(xué)學(xué)會(huì)（籌）、中國(guó)計(jì)算機(jī)學(xué)會(huì)開源發(fā)展委員會(huì)、上海生物信息學(xué)會(huì)、廣東省生物信息學(xué)會(huì)，公益支持單位為中國(guó)光華科技基金。本屆大賽的賽題分為三個(gè)賽道，包括論文復(fù)現(xiàn)賽道、任務(wù)挑戰(zhàn)賽道和AI賽道，三個(gè)賽道獎(jiǎng)金總額達(dá)到31.5萬(wàn)元，并且邀請(qǐng)到業(yè)內(nèi)知名專家和學(xué)者作為大賽評(píng)委團(tuán)。

作為第一屆大賽論文復(fù)現(xiàn)賽道的前三強(qiáng)，黃朝陽(yáng)分享了他的寶貴經(jīng)驗(yàn)。他強(qiáng)調(diào)，在配置基礎(chǔ)環(huán)境時(shí)，務(wù)必先運(yùn)行主要示例代碼，隨后再逐步完善輔助環(huán)境和輔助代碼的運(yùn)行。他建議參賽者不要一次性將最終環(huán)境全部部署到Bio-OS平臺(tái)，而應(yīng)逐步更新，以防止因環(huán)境問(wèn)題導(dǎo)致的代碼運(yùn)行失敗。

作為第一屆大賽任務(wù)挑戰(zhàn)賽前三強(qiáng)的孫明明則建議參賽者注重積累和實(shí)踐。他認(rèn)為，只有不斷學(xué)習(xí)、練習(xí)和沉淀知識(shí)，才能在比賽中游刃有余。他特別指出，對(duì)Bio-OS系統(tǒng)的熟悉程度將直接影響參賽的難度，因此前期的準(zhǔn)備和了解至關(guān)重要。

而同樣作為第一屆大賽任務(wù)挑戰(zhàn)賽前三強(qiáng)的王銘杰則特別強(qiáng)調(diào)了團(tuán)隊(duì)合作的重要性。他建議參賽者不要孤軍奮戰(zhàn)，而是組建一個(gè)分工明確、具備綜合生物信息和IT知識(shí)的團(tuán)隊(duì)。他認(rèn)為，團(tuán)隊(duì)合作能夠更有效地解決賽題，提高完成質(zhì)量，從而更容易取得好成績(jī)。同時(shí)，他也提醒參賽者，由于比賽高手云集，必須全力以赴，不可掉以輕心。

值得一提的是，在第一屆大賽中，成都東軟學(xué)院派出了15支參賽隊(duì)伍，共計(jì)50多位才華橫溢的同學(xué)。他們?cè)谡撐膹?fù)現(xiàn)賽道上憑借出色的表現(xiàn)，榮獲了第二名的好成績(jī)。作為成都東軟學(xué)院參賽團(tuán)隊(duì)的指導(dǎo)老師，杜萌澤鼓勵(lì)學(xué)生們以積極的心態(tài)面對(duì)比賽。她認(rèn)為，參與比賽本身就是一次寶貴的學(xué)習(xí)和成長(zhǎng)機(jī)會(huì)，無(wú)論結(jié)果如何，過(guò)程中的收獲都是巨大的。她鼓勵(lì)學(xué)生們“但做好事，莫問(wèn)前程”，勇于嘗試，不斷努力，為生物信息學(xué)領(lǐng)域的發(fā)展貢獻(xiàn)自己的力量。

共赴生命科學(xué)盛宴，探索創(chuàng)新之路

CCF開源創(chuàng)新大賽暨第二屆Bio-OS開源開放大賽不僅是生命科學(xué)領(lǐng)域的一次盛會(huì)，更是推動(dòng)行業(yè)發(fā)展、促進(jìn)學(xué)術(shù)交流的重要平臺(tái)。目前，大賽已經(jīng)開啟報(bào)名，并且進(jìn)入到初賽階段。我們誠(chéng)摯邀請(qǐng)對(duì)生命科學(xué)領(lǐng)域充滿熱情的師生、研究人員和行業(yè)專家參與其中，共同探索生命科學(xué)的無(wú)限可能。

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大賽組織：

1. 指導(dǎo)單位：中國(guó)計(jì)算機(jī)學(xué)會(huì)、廣州實(shí)驗(yàn)室
2. 主辦單位：火山引擎、Intel
3. 協(xié)辦單位：中國(guó)計(jì)算機(jī)學(xué)會(huì)開源發(fā)展委員會(huì)、中國(guó)生物信息學(xué)學(xué)會(huì)（籌）、上海生物信息學(xué)會(huì)、廣東省生物信息學(xué)會(huì)
4. 公益支持單位：中國(guó)光華科技基金會(huì)
5. 合作單位：尋因生物、南方醫(yī)科大學(xué)、成都東軟學(xué)院
6. 合作伙伴：字節(jié)跳動(dòng)開源、稀土掘金、火山開發(fā)者社區(qū)、字節(jié)跳動(dòng)技術(shù)團(tuán)隊(duì)、DeepTech、51CTO、YuLabSMU、生信石頭、優(yōu)雅R、生信媛、小麥研究聯(lián)盟、悟空平臺(tái)omics、多組學(xué)與健康、生信技能樹、宏基因組、生信基地biomamba