依托Force10公司高速運(yùn)算平臺(tái),華大基因引跑亞洲基因科學(xué)研究
2007年10月全球首張黃種人全基因序列圖譜“炎黃一號(hào)”順利繪制完成,測(cè)序數(shù)據(jù)總量達(dá)到1177億堿基對(duì),基因組平均測(cè)序深度達(dá)到36倍,有效覆蓋率高達(dá)99.97%,變異檢測(cè)精度達(dá)99.9%以上。2008年10月,大熊貓“晶晶”基因組序列圖譜成功測(cè)序,該基因組由24億DNA堿基對(duì)組成,約含2.1萬(wàn)個(gè)蛋白編碼基因。2008年11月6日,首個(gè)亞洲人基因序列的研究成果發(fā)布,宣布炎黃計(jì)劃參照基因測(cè)序的完成。這是繼DNA之父James Watson和 測(cè)序先驅(qū)J. Craig Venter之后所進(jìn)行的第三例人類個(gè)人基因測(cè)序。
在過去的三年中,致力于公益性研究的深圳華大基因研究院,在深圳市政府、鹽田區(qū)政府及企業(yè)的共同支持下,以“探索基因組科學(xué)的新型發(fā)展道路,引跑亞洲基因組科學(xué)發(fā)展”為使命,成功完成了多個(gè)基因科學(xué)重大項(xiàng)目的實(shí)施和研究,促進(jìn)了醫(yī)學(xué)健康產(chǎn)業(yè)和現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)的快速發(fā)展。
深圳華大基因研究院由中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所及北京、杭州華大基因研究中心為主體共同組成,在基因科學(xué)研究的道路上,除上述重要成果之外,還于2009年4月啟動(dòng)“世界三極動(dòng)物基因組計(jì)劃”,2009年8月啟動(dòng)“萬(wàn)種微生物基因組計(jì)劃”,2009年12月與國(guó)家農(nóng)業(yè)部和深圳市人民政府共建“基因組學(xué)農(nóng)業(yè)部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”…… 這些研究工作所取得的技術(shù)成就,不僅為中國(guó)和世界基因組科學(xué)的發(fā)展做出了突出貢獻(xiàn),同時(shí)也奠定了中國(guó)基因組科學(xué)在國(guó)際上的領(lǐng)先地位。
基因序列測(cè)定工作精確而繁復(fù)
眾所周知,基因序列測(cè)定需要進(jìn)行大量的計(jì)算和對(duì)比工作,盡管核酸序列測(cè)定方法越來越成熟、簡(jiǎn)便并且可以通過自動(dòng)化設(shè)備完成,但事實(shí)上,對(duì)于一個(gè)片段較長(zhǎng)、序列未知的待測(cè)核酸而言,仍然是一件耗時(shí)且繁瑣的工作。對(duì)于一個(gè)待測(cè) DNA分子,要制定一個(gè)能夠簡(jiǎn)捷準(zhǔn)確的測(cè)定方案,需要實(shí)時(shí)傳輸?shù)臄?shù)據(jù)量非常大,要求服務(wù)器、存儲(chǔ)和網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)具備高性能、低延時(shí)、高穩(wěn)定性的特點(diǎn)。并且,要求交換機(jī)端口密度較高,可同時(shí)連接多個(gè)服務(wù)器。為此,華大基因選擇了Force10公司的S2410、S50、C300、以及C150交換機(jī)組建了高性能的計(jì)算網(wǎng)絡(luò)環(huán)境,并首先在深圳研究所投入運(yùn)行。
可靠的高性能端到端網(wǎng)絡(luò)解決方案
基于此種需求,F(xiàn)orce10為華大基因提供了S系列以及C系列的四款產(chǎn)品。旨在為中等規(guī)模數(shù)據(jù)中心和企業(yè)局域網(wǎng)提供具有更高可靠性的Force10的C系列產(chǎn)品,其模塊化Force10操作系統(tǒng)(FTOS)軟件則提供了內(nèi)在的穩(wěn)定性,避免了計(jì)劃外的網(wǎng)絡(luò)停機(jī),并通過冗余部件和熱插拔技術(shù)提供全面的硬件彈性,從而最大程度地保證了網(wǎng)絡(luò)的正常運(yùn)行時(shí)間。
為了給華大基因IT管理人員提供更有效的網(wǎng)絡(luò)控制能力,F(xiàn)orce10 C300還提供了一整套提高可管理性、服務(wù)能力以及可視性的工具和功能,而模塊化的FTOS包括了業(yè)界標(biāo)準(zhǔn)的命令行界面(CLI),使管理人員簡(jiǎn)化管理并可充分利用其已擁有的網(wǎng)絡(luò)知識(shí)進(jìn)行操作。C150還可充分運(yùn)行 FTOS,為 IT 與數(shù)據(jù)中心管理人員提供實(shí)現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)運(yùn)行時(shí)間最大化所需的工具。
而S系列產(chǎn)品由小尺寸Gigabit 和10 Gigabit 以太網(wǎng)交換機(jī)組成,專為企業(yè)和服務(wù)供應(yīng)商設(shè)計(jì),以滿足這些客戶的特殊要求。其高彈性、高密度的性能特征,為數(shù)據(jù)中心、儲(chǔ)存或計(jì)算設(shè)施配備線速率GbE 和10 GbE機(jī)架交換機(jī),滿足 VoIP 和無線連接的核心彈性和高可用性要求的 PoE 配線柜。該系列產(chǎn)品為華大基因的序列測(cè)定計(jì)算提供擴(kuò)展、高性能端到端網(wǎng)絡(luò)解決方案。其中,S2410同時(shí)擁有24 端口固定配置,1 RU 數(shù)據(jù)中心交換機(jī) 超低萬(wàn)兆交換時(shí)延 ,其吞吐時(shí)延僅為 300 納秒。毋庸置疑,
Force10 S系列以及C系列的四款產(chǎn)品的高性能、低功耗、以及出色的穩(wěn)定性,為基因測(cè)序的計(jì)算工作提供了有力的技術(shù)保障。
完善的技術(shù)服務(wù) 堅(jiān)實(shí)的設(shè)備后盾
“在眾多的競(jìng)爭(zhēng)品牌中,我們選擇了Force10,經(jīng)過實(shí)踐應(yīng)用,我們對(duì)Force10的技術(shù)和服務(wù)表示肯定和滿意。”深圳華大基因研究院計(jì)算平臺(tái)負(fù)責(zé)人方林說,“其產(chǎn)品在高性能、低延時(shí)、高穩(wěn)定性等方面的出色表現(xiàn),確實(shí)為基因序列測(cè)定中的計(jì)算與比對(duì)工作提供了有力的保障,可以說,在這之后的許多大型基因測(cè)序項(xiàng)目能夠得以順利進(jìn)行,與Force10設(shè)備的高速運(yùn)行以及較高穩(wěn)的定性密不可分。”
目前,F(xiàn)orce10的幾款S系列以及C系列產(chǎn)品,已經(jīng)獲得客戶認(rèn)可,并因此而被擴(kuò)展應(yīng)用到北京和香港的研究所中,為華大基因研究所的復(fù)雜而嚴(yán)密的基因測(cè)序工作帶來了可擴(kuò)展的、可靠的、無擁堵、低功耗的性能支持。而華大基因也正在利用其所需技術(shù),依靠完善的設(shè)備力量,雄厚的科研背景和優(yōu)秀的人才隊(duì)伍,為廣大生物學(xué)相關(guān)領(lǐng)域科研工作者和研發(fā)機(jī)構(gòu)提供基因與蛋白質(zhì)相關(guān)研究的優(yōu)秀解決方案,在不斷深化科研水平和能力的前提下加快技術(shù)向市場(chǎng)轉(zhuǎn)化的步伐,力爭(zhēng)最大限度地將先進(jìn)的科研技術(shù)和成果服務(wù)于社會(huì)。
Force10 Networks、Force10、E-Series、Traverse、TraverseEdge和Adit 是 Force10 Networks, Inc. 的注冊(cè)商標(biāo),ExaScale、S-Series、TeraScale、FTOS、MASTERseries和Axxius是 Force10 Networks, Inc. 的商標(biāo)。其他所有公司名稱是其各自所有者的商標(biāo)。
關(guān)于 Force10 網(wǎng)絡(luò)公司
Force10網(wǎng)絡(luò)公司是提供可靠的下一代基礎(chǔ)架構(gòu),幫助構(gòu)建和保護(hù)智能服務(wù)網(wǎng)絡(luò)的技術(shù)領(lǐng)導(dǎo)者。Force10的產(chǎn)品可提供一流的可擴(kuò)展性、可靠性和應(yīng)用感知功能,幫助經(jīng)濟(jì)高效地將內(nèi)容從企業(yè)或融合網(wǎng)絡(luò)中交付給移動(dòng)企業(yè)用戶或個(gè)人用戶。如需了解有關(guān)Force10網(wǎng)絡(luò)公司的更詳盡信息,請(qǐng)?jiān)L問公司網(wǎng)站www.force10networks.com.cn。
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