前言

Java語(yǔ)言在工業(yè)界長(zhǎng)期處于霸主地位，Java語(yǔ)法、JVM、JDK、Java開源庫(kù)，在近10年得到了爆發(fā)式的發(fā)展，幾乎覆蓋了應(yīng)用開發(fā)的所有領(lǐng)域。伴隨著Java的全領(lǐng)域發(fā)展，問題也隨之而來了。語(yǔ)法越來越復(fù)雜，近似的項(xiàng)目越來越多，學(xué)好Java變得很難。對(duì)于沒有IT背景的統(tǒng)計(jì)人員，學(xué)用Java更是難于上青天。

R一直是統(tǒng)計(jì)圈內(nèi)處于佼佼者的語(yǔ)言，語(yǔ)法簡(jiǎn)單，學(xué)習(xí)曲線不太長(zhǎng)也不太陡。如果能結(jié)合Java的通用性和R的專業(yè)性，碰撞出的火花，將會(huì)繽紛絢爛。

本文將介紹R與Java連接的高速通道，rJava通信方案。另外一篇文章介紹的Rserve通信方案，請(qǐng)參考： Rserve與Java的跨平臺(tái)通信

1. rJava介紹

rJava是一個(gè)R語(yǔ)言和Java語(yǔ)言的通信接口，通過底層JNI實(shí)現(xiàn)調(diào)用，允許在R中直接調(diào)用Java的對(duì)象和方法。

rJava還提供了Java調(diào)用R的功能，是通過JRI(Java/R Interface)實(shí)現(xiàn)的。JRI現(xiàn)在已經(jīng)被嵌入到rJava的包中，我們也可以單獨(dú)試用這個(gè)功能?，F(xiàn)在rJava包，已經(jīng)成為很多基于Java開發(fā)R包的基礎(chǔ)功能組件。

正式由于rJava是底層接口，并使用JNI作為接口調(diào)用，所以效率非常高。在JRI的方案中，JVM直接通過內(nèi)存直接加載RVM，調(diào)用過程性能幾乎無(wú)損耗，因此是非常高效連接通道，是R和Java通信的***開發(fā)包。

2. rJava安裝

系統(tǒng)環(huán)境：

• Linux Ubuntu 12.04.2 LTS 64bit server
• R version 3.0.1 64bit
• Java (Oracle SUN) 1.6.0_29 64bit Server VM

~ uname -a  
Linux conan 3.5.0-23-generic #35~precise1-Ubuntu SMP Fri Jan 25 17:13:26 UTC 2013 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux  
 
~ cat /etc/issue  
Ubuntu 12.04.2 LTS \n \l  
 
~ R --version  
R version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Good Sport" 
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing  
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)  
 
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.  
You are welcome to redistribute it under the terms of the  
GNU General Public License versions 2 or 3.  
For more information about these matters see  
 
http://www.gnu.org/licenses/.  
 
~ java -version  
java version "1.6.0_29" 
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_29-b11)  
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 20.4-b02, mixed mode) 

rJava安裝

 
#配置rJava環(huán)境  
~ sudo R CMD javareconf  
 
#啟動(dòng)R  
~ sudo R  
> install.packages("rJava")  
installing via 'install.libs.R' to /usr/local/lib/R/site-library/rJava  
** R  
** inst  
** preparing package for lazy loading  
** help  
*** installing help indices  
** building package indices  
** testing if installed package can be loaded  
* DONE (rJava)  
 
The downloaded source packages are in  
        ‘/tmp/RtmpiZyCE7/downloaded_packages’  

3. rJava實(shí)現(xiàn)R調(diào)用Java

在R環(huán)境中，使用rJava包編程

 
#加載rJava包  
> library(rJava)  
> search()  
 [1] ".GlobalEnv"        "package:rJava"     "package:stats" 
 [4] "package:graphics"  "package:grDevices" "package:utils" 
 [7] "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads" 
[10] "package:base" 
 
#啟動(dòng)JVM  
> .jinit()  
 
#聲明并賦值到字符串  
> s <- .jnew("java/lang/String", "Hello World!")  
> s  
[1] "Java-Object{Hello World!}" 
 
#查看字符串長(zhǎng)度  
> .jcall(s,"I","length")  
[1] 12 
 
#索引World的位置  
> .jcall(s,"I","indexOf","World")  
[1] 6 
 
#查看concat的方法聲明  
> .jmethods(s,"concat")  
[1] "public java.lang.String java.lang.String.concat(java.lang.String)" 
 
#使用concat方法連接字符串  
> .jcall(s,"Ljava/lang/String;","concat",s)  
[1] "Hello World!Hello World!" 
 
#打印字符串對(duì)象  
> print(s)  
[1] "Java-Object{Hello World!}" 
 
#打印字符串值  
> .jstrVal(s)  
[1] "Hello World!" 

rJava優(yōu)化過的方法調(diào)用，用$來調(diào)用方法

 
#同.jcall(s,"I","length")  
> s$length()  
[1] 12 
 
#同.jcall(s,"I","indexOf","World")  
> s$indexOf("World")  
[1] 6 

#p#

4. rJava(JRI)實(shí)現(xiàn)Java調(diào)用R (win7)

在win7中安裝rJava

系統(tǒng)環(huán)境：

• win7 64bit 旗艦版
• R 3.0.1
• Java 1.6.0_45

設(shè)置環(huán)境變量

 
PATH: C:\Program Files\R\R-3.0.1\bin\x64;D:\toolkit\java\jdk6\bin;;D:\toolkit\java\jdk6\jre\bin\server  
JAVA_HOME: D:\toolkit\java\jdk6  
CLASSPATH: C:\Program Files\R\R-3.0.1\library\rJava\jri  

在R中安裝rJava

> install.packages("rJava")  
 
#加載rJava  
> library(rJava)  
> .jinit()  
 
#R調(diào)用Java變量測(cè)試  
> s <- .jnew("java/lang/String", "Hello World!")  
> s  
[1] "Java-Object{Hello World!}" 

啟動(dòng)Eclipse編寫程序

package org.conan.r.rjava;  
 
import org.rosuda.JRI.Rengine;  
 
public class DemoRJava {  
 
    public static void main(String[] args) {  
        DemoRJava demo = new DemoRJava();  
        demo.callRJava();  
    }  
 
    public void callRJava() {  
        Rengine re = new Rengine(new String[] { "--vanilla" }, false, null);  
        if (!re.waitForR()) {  
            System.out.println("Cannot load R");  
            return;  
        }  
          
        //打印變量  
        String version = re.eval("R.version.string").asString();  
        System.out.println(version);  
 
        //循環(huán)打印數(shù)組  
        double[] arr = re.eval("rnorm(10)").asDoubleArray();  
        for (double a : arr) {  
            System.out.print(a + ",");  
        }  
        re.end();  
    }  
} 

在Eclipse啟動(dòng)設(shè)置VM參數(shù)：

-Djava.library.path="C:\Program Files\R\R-3.0.1\library\rJava\jri\x64" 

運(yùn)行結(jié)果：

R version 3.0.1 (2013-05-16)  
0.04051018703700011,-0.3321596519938258,0.45642459001166913,-1.1907153494936031,1.5872266854172385,1.3639721994863943,-0.6309712627586983,-1.5226698569087498,-1.0416402147174952,0.4864034017637044, 

打包DemoRJava.jar

在Eclipse中完成打包，上傳到linux環(huán)境，繼續(xù)測(cè)試。

5. rJava(JRI)實(shí)現(xiàn)Java調(diào)用R (Ubuntu)

新建目錄DemoRJava，上傳DemoRJava.jar到DemoRJava

~ mkdir /home/conan/R/DemoRJava  
~ cd /home/conan/R/DemoRJava  
~ ls -l  
-rw-r--r-- 1 conan conan 1328 Aug  8  2013 DemoRJava.jar  

運(yùn)行Jar包

~ export R_HOME=/usr/lib/R  
~ java -Djava.library.path=/usr/local/lib/R/site-library/rJava/jri -cp /usr/local/lib/R/site-library/rJava/jri/JRI.jar:/home/conan/R/DemoRJava/DemoRJava.jar org.conan.r.rjava.DemoRJava 

運(yùn)行結(jié)果

R version 3.0.1 (2013-05-16)  
0.6374494596732511,1.3413824702002808,0.04573045670001342,-0.6885617932810327,0.14970067632722675,-0.3989493870007832,-0.6148250252955993,0.40132038323714453,-0.5385260423222166,0.3459850956295771, 

我們完成了，R和Java的互調(diào)。包括了R通過rJava調(diào)用Java，Java通過JRI調(diào)用R。并演示了win和linux中的使用方法。

本文出自：http://blog.fens.me/r-rjava-java/