機器學(xué)習(xí)技術(shù)使顯微鏡變得比以往更好
機器學(xué)習(xí)幫助一些最好的顯微鏡看得更清楚,工作得更快,并處理更多的數(shù)據(jù)。為了觀察魚腦中迅速的神經(jīng)元信號,科學(xué)家們已經(jīng)開始使用一種叫做光場顯微鏡的技術(shù),這使得對這種快速的生物過程進行三維成像成為可能。但是這些圖像往往缺乏質(zhì)量,而且需要數(shù)小時或數(shù)天的時間才能將大量的數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為三維體積和電影。
現(xiàn)在,歐洲分子生物學(xué)實驗室(EMBL)的科學(xué)家們已經(jīng)將人工智能(AI)算法與兩種尖端的顯微鏡技術(shù)相結(jié)合--這一進展將圖像處理的時間從數(shù)天縮短到僅有幾秒鐘,同時確保所得到的圖像是清晰和準確的。該研究結(jié)果發(fā)表在《自然方法》上。
論文的兩位主要作者之一、現(xiàn)為慕尼黑工業(yè)大學(xué)博士生的尼爾斯-瓦格納說:"最終,我們能夠在這種方法中取得'兩個世界的最佳效果。人工智能使我們能夠結(jié)合不同的顯微鏡技術(shù),因此我們可以像光場顯微鏡允許的那樣快速成像,并接近光片熒光顯微鏡的圖像分辨率。"
雖然光片熒光顯微鏡和光場顯微鏡聽起來相似,但這些技術(shù)有不同的優(yōu)勢和挑戰(zhàn)。光場顯微鏡捕捉到大的三維圖像,使研究人員能夠以非常高的速度跟蹤和測量非常精細的運動,如魚的幼蟲的心臟跳動。但是這種技術(shù)產(chǎn)生大量的數(shù)據(jù),可能需要幾天時間來處理,而且最終的圖像通常缺乏分辨率。
光片熒光顯微鏡在同一時間對特定樣本的單一二維平面進行觀察,因此研究人員可以以更高的分辨率對樣本進行成像。與光片熒光顯微鏡相比,光片顯微鏡產(chǎn)生的圖像處理起來更快,但數(shù)據(jù)不那么全面,因為它們一次只能從單一的二維平面捕捉信息。
為了利用每種技術(shù)的優(yōu)勢,EMBL的研究人員開發(fā)了一種方法,利用光場顯微鏡對大型三維樣品進行成像,并利用光片顯微鏡訓(xùn)練人工智能算法,然后創(chuàng)建一個準確的樣品三維圖像。
Robert Prevedel是EMBL小組的負責(zé)人,他的小組貢獻了新穎的混合顯微鏡平臺,他指出,建造更好的顯微鏡的真正瓶頸往往不是光學(xué)技術(shù),而是計算。這就是為什么早在2018年,他和安娜決定聯(lián)合起來。"我們的方法對那些想研究大腦如何計算的人來說將是真正的關(guān)鍵。我們的方法可以對魚的幼蟲的整個大腦進行實時成像,"羅伯特說。
他和安娜說,這種方法也有可能被修改,以適用于不同類型的顯微鏡,最終使生物學(xué)家能夠觀察幾十個不同的標本,并更快地看到更多的東西。例如,它可以幫助找到參與心臟發(fā)育的基因,或者可以同時測量成千上萬個神經(jīng)元的活動。
接下來,研究人員計劃探索該方法是否可以應(yīng)用于更大的物種,包括哺乳動物。